Το μεγαλύτερο μέρος του κεντρικού υπαίθριου χώρου του Ασκληπιείου καταλαμβάνεται από τον επιβλητικό δωρικό περίπτερο ναό και το μεγάλο βωμό του. Ο ναός ήταν περίπτερος δωρικός (6X12 κίονες) με πρόναο και οπισθόδομο, που ο καθένας τους έφερε δύο κίονες μεταξύ παραστάδων. Οι εξωτερικές διαστάσεις του μνημείου είναι 13,67X27,94 μ., ενώ το συνολικό του ύψος ήταν 9 μ. περίπου. Εδράζεται σε τρίβαθμη κρηπίδα. Στην ανατολική του πλευρά όπου η είσοδος υπάρχει ράμπα. Ο σηκός, ο πρόναος και ο οπισθόδομος είναι κτισμένοι από τοπικό ασβεστόλιθο, ενώ το πτερό από επιχρισμένο ψαμμιτικό λίθο. Το άδυτο χωριζόταν από το υπόλοιπο τμήμα του ναού με θωράκιο και στο βάθος του υπήρχε γλυπτική λατρευτική σύνθεση, το χρυσόλιθο άγαλμα της θεάς Μεσσήνης. Αφιερώματα που προσιδιάζουν στη λατρεία του θεραπευτή θεού Ασκληπιού δεν βρέθηκαν. Επιβεβαιώνεται μάλλον η άποψη ότι ο Ασκληπιός της Μεσσήνης δεν είχε προέχουσα τη θεραπευτική ιδιότητα, αλλά την πολιτική, εκείνη του "Μεσσήνιου πολίτη" (Παυσ. 4. 26, 7). Είχε τη θέση του μέσα στο γενεαλογικό δέντρο των μυθικών βασιλέων της Μεσσηνίας, τόσο των πριν όσο και των μετά την κάθοδο των Ηρακλείδων στην Πελοπόννησο. Μητέρα του ήταν η Αρσινόη, κόρη του Λευκίππου, που έδωσε το όνομα της και στην Κρήνη Αρσινόη της αγοράς.